网上支付跨行清算系统业务主要有：网银贷记业务、网银借记业务、第三方贷记业务、中国人民银行规定的其他支付业务。

　　网银贷记业务是指付款人通过付款行向收款行主动发起的付款业务。它可支持网银汇兑、网络购物、商旅服务、网银缴费、贷款还款、实时代付、投资理财、交易退款、慈善捐款等行为的资金支付。

　　网银借记业务是指收款人根据事先签订的协议，通过收款行发起的收款业务。它可支持实时代收、贷款还款等行为的资金支付。

　　第三方贷记业务是指第三方机构接受付款人受托，通过网上支付跨行清算系统通知付款行向收款行付款的业务。它可支持网络购物、商旅服务、网银缴费、贷款还款、实时代收、投资理财、交易退款、慈善捐款等行为的资金支付。